Спустя несколько лет после событий первого фильма Зверополис стал ещё более современным и дружелюбным мегаполисом, привлекающим множество животных со всех уголков мира. Джуди Хопс, уже заслужившая звание лучшего детектива города, и её напарник Ник Уайлд, первый лис-полицейский, наслаждаются своей работой, пока не сталкиваются с новой загадкой. В городе начинают происходить странные исчезновения мелких животных, и на первый взгляд, эти инциденты никак не связаны друг с другом. Джуди и Ник погружаются в расследование, раскрывая сеть тайных подземных операций, проводимых криминальными...